数据管理阶段性工作
流程图
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数据管理阶段性工作 SOP-CDSC-050 数据库编程 Database Programming V3.0 SOP-CDSC-004 数据清理 Data Cleaning-V4.0 |
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流程说明 |
参考资料 |
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流程说明
在项目EDC正式环境上线,通常在FSFV数据录入后数据团队清理工作正式开始,除常规数据清理工作外,DM还需按照DMRP规定给项目组成员发送EDC进展报告(通常频率为每月一次)。基于CDTMS归档结构考虑,医学编码、外部数据管理、SAE一致性检查、随机化一致性检查等将单独拆分章节讲解。
- 进展报告
- HRTAU V4.1.20 EDC系统进展报告
项目DM、PM可在EDC系统内“报告 → 项目进展报告”进行进展报告的下载。
使用系统进展报告需提前在建库端进行设置,具体设置操作详见EDC 系统进展报告用户手册。
1)进展报告SAS配置
TDM或DM需邮件SAS组公邮< DM-SAS@hengrui.com>申请项目进展报告开发的负责人并配置项目进展报告程序,邮件申请要求如下:
- 邮件标题为:项目编号_进展报告SAS需求;
- 邮件需要提供 “SAS数据集”、“数据库定义报告”、“缺失类报告需求”:
(1)SAS数据集:尽量提供至少有一条给药记录的数据,便于进展报告程序测试验证。
(2)数据库定义报告:发送项目最新的ALS,若改库有访视相关更新也需与SAS程序员联系更新进展报告逻辑。
(3)缺失类报告需求:使用SAS需求模板撰写进展报告缺失类需求,进展报告的标准逻辑可参考EDC进展报告通用模板和逻辑(如对标准逻辑有反馈意见,可填入SAS工具反馈入口中);
不同系统文件下载路径如下:
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EDC系统 |
SAS数据集 |
数据库定义报告 |
CRF:填写情况 |
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HRTAU 4.1.8及以下版本 |
DM账户→报告→EDC导出→SAS数据集(父子表合并)UTF-8 |
DM账户→报告→数据库报告→数据库定义 |
NA |
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RAVE |
Architect→Data Manager→Reporter→SAS on demand(SAS v9格式,记录数据集密码并提供给SAS程序员)→sFTP下载 |
Architect→研究→version→Download |
NA |
- 程序员在2周内根据邮件申请配置程序并输出报告,邮件反馈DM审阅;
- DM需结合EDC数据进行多次QC审核。过程中可根据情况与程序员线下沟通,最终需将报告中发现的问题标记汇总并邮件反馈给程序员。如涉及到SAS需求的更新,需要将更新后的SAS需求文件一并反馈给程序员;
- 程序员根据邮件反馈进行程序修订,重新输出报告发送DM审阅,反复以上步骤直至问题解决;
- DM确认SAS输出报告满足需求后,后续DM按照项目需求定期输出。
2)进展报告的输出
DM提前在OA-流程-信息管理类-软件安装申请表填写SAS软件安装申请信息,并下载SAS软件包至本地,在OA审批后,IT后会主动联系并协助安装,才能在server进行程序输出;
- 进展报告SAS程序完成配置后,DM/TDM根据需求定期进入server网盘运行程序输出最新进展报告,运行报告需在网盘放置文件SAS数据集、数据库定义报告和系统配置文件:
- SAS数据集:需删除旧数据集将最新SAS数据集放置网盘中,位置:Projects\GRP_CDSC_ALL\项目编号\data\raw)
- 数据库定义报告:确保网盘中有数据库最新版本定义报告,且命名为“als”,位置:Projects\GRP_CDSC_ALL\项目编号\doc
- 系统配置文件:仅RAVE系统需放置系统配置文件(HRTAU4.1.8及以下版本无需此步操作)
- RAVE:需下载4份系统最新配置文件(下载路径为:Architect→Data Manager→Reporter→Subject CRF Versions(crViewer.xlsx)、StreamDatapointsStatusList.csv、Stream-PageStatus.csv、Stream-QueryDetail.csv)下载后放置网盘中,位置:Projects\GRP_CDSC_ALL\项目编号\doc\Metrics
- RAVE系统SAS程序可以直接输出完整版进展报告,但HRTAU系统配置的SAS程序仅输出“访视缺失”和“页面缺失”内容,项目进展类内容需DM进入EDC端下载合并(下载路径为:DM账户→报告→HR项目进展报告→进展报告汇总)。
- 如报告QC中出现任何问题,可标记并邮件汇总反馈给程序员。除首次报告需要QC,项目进行过程中有新的受试者状态出现时,也需要再次QC。例如治疗结束(EOT)和随访结束(End of Follow-up)的数据是访视/页面缺失的逻辑条件,在项目初期这些数据通常不会那么快出现,SAS程序员会根据SAS需求上的逻辑先行配置程序,但由于没有真实数据的验证,故当EDC数据出现EOT/EOS数据时,TDM或DM应重新对报告进行QC。
- 如涉及到SAS需求的更新,需要将更新后的SAS需求文件一并反馈给程序员,程序员根据邮件反馈进行程序修订,重新输出报告发送DM审阅,反复以上步骤直至问题解决。
培训视频: SAS程序的运行与报告获取.mp4
- 进展报告的发送
DM按DMRP规定的频率,将进展报告上传至CDTMS-进行阶段-数据管理进展报告,可通过CDTMS发送邮件将进展报告给到项目团队核心成员(建议发送项目经理、医学经理、药理经理、统计师、编程经理、随机经理、外部数据经理等),抄送医学总监和相关公邮。
首次发送进展报告前,需向PM确认负责的CRA团队:I期项目一般由早期运营团队负责,抄送公邮<HR.phasel@hengrui.com>; II、III期一般由监查部2、3期负责,抄送公邮<hengrui_monitor@hengrui.com>;
邮件的内容需简明扼要的罗列目前项目EDC数据的进度及状态等,可将项目组需重点关注和解决的问题也做重点说明。
对于已配置EDC进展报告项目,TDM验证过进展报告正确性后,若运营对进展报告频率有增加的需求可告知PM自行登录EDC系统进行下载。
- 数据清理
- 项目数据经理(TDM)应在项目进行过程中根据Timeline合理安排数据清理的时间及人员分工,可采用定期清理的方式(如每月1次),如遇节点,可调整频率;
- 除线上核查,包括EC和SAS-EC自动发放质疑外,其余均需TDM或DM在审阅后于EDC中发放人工质疑,并及时跟进质疑答复情况,直至质疑解决;
- 数据清理的核查内容可以通过不同的核查手段实现清理目的,目前大致组合如下:
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核查内容
核查方式
EDC数据清理
线上程序核查(Edit Check)、SAS核查(标准程序)、人工核查
方案偏离相关EDC数据列表
方案违背质疑汇总、CRF:未采集/未发生、数据列表(SAS程序核查结果(如时间窗))、Inactive page report
医学审核列表
SAS核查(标准程序)、人工核查(Medical)
编码质疑
编码文件中自带的系统质疑(Rave系统标准程序)、SAS EC(编码相关字段核查)
外部数据一致性比对
SAS核查(标准程序)、人工核查
随机数据一致性比对
SAS核查(随机一致性比对V2.0)、人工核查
药物安全一致性比对
CDTMS线上比对、人工核查
注意:若清理过程中发现某个检查项的定量结果无匹配的标准上下限/单位匹配,需申请新增标准单位,具体流程如下:
a). 项目编程需与项目医学确认转换系数;
b). 项目编程反馈给刘慧总,由刘慧总统一和医学确认后发送家鹑经理(jiachun.gong@hengrui.com),家鹑经理再在标准库后台添加对应单位及转换系数。
培训视频:
HRTAU EDC 4.0&4.1 数据集及报告导出.mp4
2. 数据清理工具(标准程序)
- 有的核查点较为通用,为避免重复撰写需求,TDM或DM经验导致核查缺失,临床数据科学中心特别开发了以下标准SAS程序辅助DM高效完成数据清理工作,通用步骤如下:
- TDM或DM参照标准库项目SAS清理工具核查逻辑 V2.0,确认工具的适用范围、核查逻辑和使用流程;
- 评估确定项目内需要使用的工具后,TDM需要完成程序的首次配置和运行操作,运行成功后再交由DM执行后续操作;
- 在使用过程中,如有反馈意见可填入SAS工具反馈入口中,如有程序报错等紧急问题可直接联系SAS 组公邮:DM-SAS@hengrui.com。
- TDM或DM针对输出的报告进行质疑提醒的确认,并发放至EDC中。注意:HRTAU系统中可通过EDC相应页面直接调用预先开发好的SAS数据清理宏程序,生成SAS清理结果,并可将质疑发送至对应页面对应字段。SAS EC目前支持的核查有AE分级记录、重复核查(包括《AE及各种史的重复》和《其他请描述与选项重复》,不包括《表重复》)、CM-PRCND-AE-MH、复筛受试者代码核查、生存随访核查和编码相关字段核查。TDM或DM可参考SAS EC操作指南进行使用。进行使用。
- 每月数据清理完成后,由TDM或DM及时将本月完成质疑发送、关闭情况(质疑汇总报告)上传至CDTMS-进行阶段-数据管理进度报告-数据清理。
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培训视频:
- 医学审核列表
- 2024-01后首次上线项目默认使用医学审核平台(包括:医学审核列表、Excel数据集、SAS数据集、LAB可视化、AE-EX可视化、医学编码listing、CTCAE分级准确性核查、RECIST 1.1标准程序)。 程序会自动识别项目已定稿DMRP-医学审核平台中勾选的可视化试图,自动配置,自动配置流程如下:
- TDM及时在CDTMS中填写FSFV日期,填写完成后便自动有邮件通知到配置团队。
- 配置团队会设置数据集自动导出、配置医学审核列表,根据自动下载的DMRP内容配置可视化图表。
- 配置团队在1-2周内完成配置,配置完成后会由徐星邮件通知TDM。
- 若项目改库,TDM要在改库完成后第一时间在CDTMS中【EDC生产环境使用】--当前【EDC定义报告】中上传最新的xlsx格式的ALS,程序会自动抓取最新的ALS从而更新医学审核平台内容。若ALS格式上传错误,TDM会收到提醒邮件。
- 配置后对DM有以下便利:
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1. 医学审核平台已放置UAP中,DM有只读权限,登录HRTAU EDC后即可切换至项目医学审核平台。
2. 医学经理可自行在平台中获取医学审核列表、Excel数据集、SAS数据集,也可在EDC中自行下载数据集,TDM无需再定期发送以上内容。
3. 医学经理可在平台中获取最新编码结果报告。
- 医学审核平台配置注意点:
- EDC数据集、SAS数据集、crview目前由技术支持组设置自动导出,DM无需再单独设置。但对于EDC数据集导出区分盲态和非盲的项目,务必提前由TDM邮件告知辛欣总、魏鑫总,不能走自动配置流程,需盲态DM设置自动导出,避免破盲。
- 医学审核平台根据DMRP内容进行配置,因此请在DMRP定稿前与医学沟通确认项目所需医学审核平台配置内容。(如:可视化视图中AE-EX仅适用于有间隔的注射给药,若项目不适用,请在DMRP中勾选否,以免浪费资源。)
- 医学审核平台配置完成后会通知TDM测试(主要测试内容有:数据集是否为当日/隔日最新数据集、编码文件是否为最新编码文件、各类文件是否可以正常下载、各类表格是否能正常打开),测试通过后TDM可告知医学使用(TDM/DM需完成知识库培训,医学初次使用需完成ELP培训)。
- 医学审核平台目前未覆盖非注册类IIT项目,HRTAU项目医学可自行在EDC中下载数据集;Rave项目TDM/DM可根据协商频率自行导出数据集发给医学。
- 若项目组医学存在特异性清理需求,可告知医学经理在医学平台右上角“医学审核平台问题反馈”处填写需求。需要注意的是,如Medical有数据分析、统计的需求应联系统计编程部门准备数据列表;
- 统计编程部开发的医学审核平台MediSum已正式发布,主要功能是基于原始EDC数据提供以下三大类数据的汇总分析图表:受试者分布与基线信息相关,安全性相关 -不良事件,有效性相关-肿瘤。医学可在连接公司内网后访问https://shinyapp.hengrui.com/MedReviewTool/进行使用。
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- 方案偏离相关EDC数据列表
- TDM作为项目组成员应参与方案偏离的审阅,重点评估确定方案偏离是否可提供“相关的EDC数据”列;
- 在项目进行过程中,TDM应和PM确认需求和发送频率;
- TDM或DM根据方案和/或方案偏离的预设,撰写DVS时,应将“PD类别”列填写完整且准确;
- 如果项目组有特异性程序需求:请TDM的直线经理邮件给颜总、辛欣总和魏鑫总,并在邮件中说明需要配置的程序逻辑和理由,经评估后决定是否配置特异性程序;
- 具体流程培训请参考:临床数据科学中心-方案偏离管理流程;
- 邮件将报告发送项目组后的3个工作日内,由传输报告的TDM或DM及时将方案偏离相关EDC数据列表上传至CDTMS-进行阶段-数据管理阶段性工作-方案违背。
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CDTMS填写要求
- 定期进展报告、数据清理、方案违背等每月定期产生的记录,TDM/DM在产生文件后及时上传
- “问题描述与采取措施”需要概括性地描述本次阶段性工作重点问题/解决方案(如进展报告导出open质疑XXX条,另发送邮件给项目组催促及时回复修正)。
- 数据管理阶段性工作填写要求说明如下:
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数据管理工作类型
要求
定期进展报告
- 发送项目组审阅的定期进展报告。通过系统通知发送至项目组审阅。(注:无需发送系统导出的其他报告;系统邮件发送)
- 需在“问题描述与采取措施”处体现本月与数据相关的问题,或需要提醒项目组跟进的建议。
数据清理
- 定期进行的数据清理文件需上传,如:质疑列表(注:只需反映实际清理工作最终的量化结果即可,无需上传清理痕迹或SAS输出结果;)
- 按项目清理频率,反应本轮数据清理产生的实际工作内容,填写query detail中本轮数据管理人员实际发出/关闭/目前待关闭的质疑。
方案违背
- 发送方案偏离相关EDC数据列表。
数据管理工作报告
- 在临床研究的数据管理过程中,如果有发现问题、沟通问题及解决问题的总结内容,可以在此处进行记录,以便项目内的数据管理人员共同参考,达成后续工作的参考指导和改进。
注:
- CDTMS系统将提供对数据科学中心工作质量稽查的证据,要求所有项目及时上传工作文件,特别是在进行阶段,因为项目周期长、工作内容多、经常容易遗忘。所以,特别强调所有工作都要上传且CDTMS是工作文件的唯一存放地。项目结束后,文件将一键下载,提供给eTMF或爱数归档。
- 凡是系统导出的数据集以及SAS运行的结果,无需传到CDTMS。但是,DM工作的实际证据以及各自的总结(如每月已发送的质疑列表,特别是对于数据清理的阶段性总结,重要的质疑问题等),需按时上传。